La prima presenza umana nell’arcipelago giapponese risale probabilmente intorno al 30.000 a.C.
Il periodo Jōmon, che prende il nome da un particolare tipo di ceramica dell’epoca, fu seguito dallo Yayoi nel primo millennio a.C. quando furono introdotte nuove tecnologie dall’Asia continentale. Durante questo periodo, il primo riferimento scritto noto al Giappone fu registrato nel libro cinese di Han nel I secolo d.C.
Tra il IV e il IX secolo i regni e le tribù del Giappone vengono gradualmente unificati sotto un governo centralizzato, nominato dall’Imperatore. Nel 794 fu istituita la capitale imperiale a Heian-kyō (Kyoto), segnando l’inizio del periodo Heian che durò fino al 1185. La vita religiosa consisteva in un misto fra Buddismo e Shintoismo.
Nel corso dei secoli successivi, il potere dell’Imperatore e della corte imperiale diminuirono gradualmente, passando ai clan militari e ai loro eserciti di samurai. Il clan Minamoto sotto Minamoto no Yoritomo emerse vittorioso dalla guerra di Genpei, sconfiggendo il loro clan militare rivale, i Taira. Dopo aver preso il potere, Yoritomo fondò la sua capitale a Kamakura e prese il titolo di Shōgun.
Nel 1274 e nel 1281, lo shogunato di Kamakura resistette a due invasioni mongole, ma nel 1333 fu rovesciato da un concorrente rivale dello shogunato, inaugurando il periodo Muromachi.
Durante il periodo Muromachi i signori della guerra regionali chiamati Daimyō acquisirono potere a spese dello shōgun. Dopo un periodo di guerra civile, alla fine del XVI secolo il Giappone fu riunificato sotto la guida del famoso Daimyō Oda Nobunaga e del suo successore Toyotomi Hideyoshi.
Dopo la morte di Hideyoshi nel 1598, Tokugawa Ieyasu salì al potere e fu nominato Shōgun dall’Imperatore. Lo shogunato Tokugawa, che governò da Edo (Tokyo), presiedette un’era prospera e pacifica conosciuta come il periodo Edo (1600-1868). Lo shogunato di Tokugawa impose un rigido sistema di classe alla società giapponese e interruppe quasi tutti i contatti con il mondo esterno.